《资治通鉴》虽被誉为“体例严谨，脉络清晰，网罗宏大，体大思精，史料充实，考证稽详，叙事详明，繁简得宜”，但《资治通鉴》本身也有不少错误，如史家严耕望指出《资治通鉴》对云台二十八将的排列顺序有误；两《唐书》将“特勤”误为“特勒”，《资治通鉴》对此并无纠正，将错就错，《资治通鉴》卷一六四：“土门自号伊利可汗，号其妻为可贺敦，子弟谓之特勒。”《通鉴考异》：“诸书或作特勤，今从刘昫《旧唐书》及宋祁《新唐书》。”《后出师表》并非出自诸葛亮文笔，而《资治通鉴》全文照录。高安陈汝奇在《陈氏甘露园长书四论》认为《资治通鉴》将只见诸野史的杨贵妃、安禄山之事纳之正史而失之客观。

又如唐代宦官鱼弘志，《新唐书》仇士良传作“鱼弘志”，《旧唐书》偶有误为“鱼志弘”，《资治通鉴》卷245大和九年十一月壬戍作鱼志弘，《资治通鉴》卷246作开成五年正月己卯又作鱼弘志，相互混淆。《晋书》载吕光的第一个年号“太安”，而《资治通鉴》记载为“大安”。再如《资治通鉴》记年方式多有不当之处，如齐人伐燕的时间（前313年），司马光舍《史记》的编年，未据《纪年》详加考查，只增加齐威王十年，减少齐湣王十年，以求与《孟子》记载齐宣王伐燕的事迹相同，宋朝朱熹经考订认为是齐湣王十年，据今人考证，实际上为齐宣王七年，另乐毅伐齐中也有不少错误。又如《资治通鉴》在记述隋炀帝西巡行程中均出现诸多失误，六月二十三日以后由张掖前往焉支山的时间提前到高昌王六月十七日到达张掖的当天。《通鉴》卷十五（汉纪七）文帝后二年：“八月，戊戌，丞相张苍免。”但据《二十史朔闰表》文帝后二年八月丁卯朔，月内无戊戌。吴玉贵著有《资治通鉴疑年录》归纳出《通鉴》纪时所发生错误，共计得出八百八十八例，可补此方面的缺失。

宋朝的朱熹在《朱子语类》的〈历代一〉中，有直接的批评：“温公不喜权谋，至修书时颇删之，奈当时有此事何？只得与他存在。若每处删去数行，只读著都无血脉意思，何如存之，却别作论说以断之。”又说：“温公修书，凡与己意不合者，即节去之，不知他人之意不如此。《通鉴》之类多矣。”明代严衍熟读《资治通鉴》，著有《资治通鉴补》，列举通鉴有七病（漏、复、紊、杂、误、执、诬）。

近人岑仲勉认为《通鉴》对牛僧孺说”失一维州，无害其（吐蕃）强“的评价有偏颇之嫌，司马光还不惜歪曲事实，玩弄文字游戏。岑仲勉还写有《通鉴隋唐纪比事质疑》，自称纠正《通鉴》的谬误，共670余条。